Per potersi fregiare del marchio con l'indicazione "Prodotto ottenuto da agricoltura biologica" è necessario che tutti gli operatori coinvolti (olivicoltori, frantoiani, imbottigliatori e commercianti) siano assoggettati al regime di controllo di un organismo riconosciuto dallo Stato, mediante l'invio di un apposito modulo (detto notifica) alla regione e all'organismo prescelto. Tutte le operazioni compiute nella propria azienda e i movimenti delle merci e materie prime utilizzate devono essere riportati su appositi registri verificabili da chiunque. Infatti solo se il consumatore avrà chiaro tutti gli sforzi che si sono dovuti sopportare per ottenere quell'olio, potrà riconoscere al produttore il giusto valore del prodotto. I maggiori controlli quindi servono non solo per evitare frodi e concorrenza sleale, ma anche per stabilire un rapporto di reciproca fiducia tra il produttore ed il consumatore.

Il Reg. CEE 2092/91 stabilisce un periodo di conversione per le colture arboree di tre anni dal momento della compilazione ed invio di notifica di produzione biologica all'organismo certificatore. Tecnicamente questo tempo può diminuire se l'azienda presenta dati oggettivi e documenti sull'agroecosistema e sull'etichetta deve essere riportato prodotto :"in conversione da agricoltura biologica". Anche l'agricoltore deve aggiornarsi con corsi di formazione e così l'olivicoltura biologica diventa per lui momento di crescita culturale, ed è lui che entra in un sistema che garantisce l'informazione e il consumatore.

L'olio biologico costa in genere un po' di piu' perche' seguire tutte le regole dell'agricoltura biologica significa produrre meno e sostenere maggiori spese. Concimi ed antiparassitari naturali costano di piu' e sono meno efficaci rispetto a quelli prodotti in laboratorio e questo risulta in una minore produzione di olio biologico per ettaro di terreno rispetto ad un normale extravergine. Inoltre chi produce prodotti biologici deve sottoporsi a costosi controlli. Infine devono passare tre anni di controlli prima di mettere in commercio per la prima volta un olio biologico e durante quel periodo si sostengono costi superiori senza poterne immediatamente raccogliere i frutti.